Je-li Jan Amos Komenský nejznámějším za hranicemi Čech a Jan Hus nejvlivnějším teologem české reformace, potom je Petr Chelčický pravděpodobně myšlenkově nejoriginálnější její postavou, ačkoliv spíše by se hodilo mluvit o spisech jemu přičítaných. Konkrétních údajů o osobě Petra Chelčického je velice málo na to, abychom mohli s jistotou říci, kdo vlastně byl. Nejznámější teorie, pocházející z pera F. M. Bartoše, spojuje osobu Chelčického s drobným zemanem Petrem Záhorkou. Argumentem mu byla lokální spojitost, stejné křestní jméno, a to že po roce 1424 nejsou o Petru Záhorkovi žádné zmínky. Na úskalí Bartošovy hypotézy upozornil V. Chaloupecký. Jméno Petra Záhorky se 30. března 1424 objevuje mezi zemany, zaručujícími se za smlouvu táborského hejtmana Jana Smilka z Kremže s panem Kunátem ze Sulevic na Vimperku. Tedy v době, kdy měl Chelčický teoreticky již žít v ústraní, podle svých spisů radikálně změnit své názory a myšlenkově se rozejít i s tábority, by se najednou objevil jako garant smluvního vztahu šlechty. Traktát O trojím lidu, v němž velice silně dává najevo své sociální názory, pak má dataci do dvacátých let 15. století. Při přihlédnutí k jeho odporu vůči světským soudům a světské spravedlnosti vůbec, vyvstává nad hypotézou Chelčický-Záhorka otazník. Možná nám zůstane v této oblasti pouze mnoho domněnek, ale jestli se neobjeví nový pramenný materiál, zůstane nám osoba Chelčického zahalena tajemstvím. Autor se v šeru dávnověku ztratil a zůstaly pouze jeho spisy.
Důležitým bodem Chelčického myšlení je nauka o církvi. Základní teze o pravé církvi, nedající se již více redukovat, charakterizuje církev svatou jako sbor vyvolených ke spasení. Chelčický ale viditelnou instituci církve neruší, neboť se orientuje zcela jiným směrem, totiž na problém spásy individuálního člověka. Soteriologie je základní Chelčického otázkou a úhlem pohledu. V okamžiku, kdy si pokládá otázku, jakým způsobem spásy dosáhnout nastává zlom. Teprve v tomto bodě se Chelčický rozchází s institucionální stránkou církve. Chelčického pojetí spásy a ospravedlnění je neinstitucionální, přísně individuální a založené ve své podstatě na skutcích. Odmítnutí například očistce je výsledkem těchto jeho tvrzení. Spása pro člověka záleží z viditelného hlediska jako možnost rozhodnutí se mezi Bohem a satanem, ve svých důsledcích pouze na něm samém. Vyvolenost jiným způsobem Chelčický explicitně popírá. Člověk má podle Chelčického možnost aktivně naplnit Boží zákon, který je mu všelidskou a všeobecně známou normou. V tomto svém tvrzení zůstává biblickým humanistou a rozchází se i s pojetím apoštola Pavla. Pravá církev je pro něj společenstvím vyvolených ke spáse, přičemž ale v pojetí spásy překračuje nejenom pojetí Viklefovo, ale i Husovo. Samozřejmě, že ani příslušnost k nejrůznějším vnějším řádům, například kněžskému, charakterizujícím církev, pro něj není rozhodující.
Ideální podobu církve je mu dána v církvi apoštolské. Neexistuje ale jakákoliv možnost historické aktualizace a ztotožnění se s ní jako například u pikartů a adamitů. Pro Chelčického neexistuje ani konkrétní historická návaznost a pokračování společenství s církví prvotní jako v myšlení valdenských. Zde se s valdenskými rozchází.
Myšlenkově nejoriginálnější je ovšem ve svých analýzách charakteru světské moci. Chelčickému nejde o pouhé popření společenské teorie trojího lidu, ale o otázku legitimity. Lidé sami odmítají možnost Boží vlády nad sebou a tak Bůh dopouští světské panování nad nimi. Pouze díky lidskému odmítnutí Boží vlády je světská moc legitimní. Její podstatou ale stále zůstává násilí a nic jiného než násilí nedokáže vyplodit. Ke spáse, polepšení nebo obrácení žádného člověka přivést nemůže z důvodu své vlastní podstaty. Z tohoto důvodu Chelčický odmítá i myšlenku části české reformace, tvrdící v návaznosti na Viklefa, že světská moc se může podílet na nápravě církve. Společnost trojího lidu, kde jedni pracují, druzí se modlí a třetí brání zbytek není funkční a není společenským konsensem. Chelčického jazyk je v pasážích věnovaných světskému panování velice barvitý a expresivní. Na druhé straně jakýkoliv násilný střet se světskou mocí, vzpouru a přetvoření společnosti pomocí násilí odmítá. Společnost a člověka je možné napravit, ale pouze pokojnou cestou evangelia, osobní nápravou každého jednotlivce. Boj mu není nikdy ospravedlnitelným prostředkem a zůstává bytostným pacifistou. Jeho pacifismus je ovšem založen na interpretaci Písma podle zákona Božího, kam příkaz „nezabiješ“ neoddiskutovatelně patří. S českou reformací a jejím tvrzením o ospravedlnitelnosti meče k hájení zákona Božího se rozchází radikálně.
Přístup k Písmu je velmi důležitou součástí jeho učení a určuje jeho další myšlenky. Chelčického biblicismus nepojímá Písmo jako doslovné. Pouze interpretace podle zákona Božího, jenž se mu mnohde kryje například s Desaterem, má právo na správnost. Zákon Boží je mu pak rozhodujícím činitelem namísto doslovnosti. Z tohoto pohledu pak může i některé pasáže o násilí ze Starého zákona vzít jako pouhou lidskou „vsuvku“ a některé myšlenky i z Nového zákona odmítnout jako dobově podmíněné a tedy nikoliv všeobecně platné. Například tvrzení apoštola Pavla o světské moci v listu Římanům. Stejný poměr má i ke starocírkevní tradici. Nemusí se vyhraňovat vůči ní, ale pouze vůči některým myšlenkám. Na jednu stranu tedy některá tvrzení svatého Augustina a Tomáše chválí, jindy je vehementně popírá.
Učení Petra Chelčického je možné označit za individuální a intelektuální pokus o nápravu společnosti a církve, hraničící s herezí a obsahující i podnět k širšímu hnutí Jednoty bratrské, která jeho myšlenky v různých stádiích svého vývoje rozpracovala a inspirovala se jimi, některé přepracovala a od jiných ustoupila a zcela je zavrhla.
Svébytnost jeho myšlení se projevuje zvláště v pohledu na společnost jeho doby a její principy, které podrobuje originální kritice z biblických pozic. Dokladem individualismu a humanismu jeho učení, založenému ovšem na biblických základech, je nutnost opustit mnohé jeho myšlenky, kterou pocítila Jednota bratrská ve chvíli své institucionalizace a přeměny jak po stránce sociální struktury, tak propojeně i naukově.