Po uvěznění a potom upálení universitního mistra Jana z Husince a Jeronýma Pražského se v Čechách zvedla proti tomuto kroku koncilu v Kostnici silná reakce. Jsou psány manifesty, posílané i císaři Zikmundovi jako dědici české země. Jeden z nejznámějších je manifest českých pánů ze sjezdu 1. září 1415. Sepsán byl 2. září 1415 a je adresován Kostnickému sněmu. Výsledek je, že okolo roku 1416 je zápis sněmu, považující české pány za možné kacíře. Listy obsahují ohražení se proti nařčení, prozatím pouze Jana z Husince z kacířství. Po nějaké době rozeznáváme v těchto dokumentech i další důležitou nótu, která bude prostupovat množstvím literárních památek datovaných z oné doby. Totiž výzvu k obraně, a to posléze i násilím, nejenom české země, ale i programu nápravy církve, programu čtyř pražských artikulů, přijatého roku 1419. Husité zde sami sebe vnímají jako součást církevních dějin, v jejichž rámci vystupují se svými opravnými nároky. Jejich oprávnění se zakládá na výkladu Písma svatého jako hlavního kriteria podle něhož se má církev obecně řídit. Zákon Boží je brán jako nadlidská norma, založená na pojetí Písma svatého. Historické události však pokračují potom již známou cestou. Pražskou defenestrací, smrtí krále Václava.
Posléze však pro Čechy vyvstává z historických okolností důležitá otázka, zda-li je možné nárokovat použití meče k obraně Boží pravdy. V celku husitských Čech jsou na toto různé odpovědi a různá zdůvodnění. Jednou z nich, i když menšinovou, přesto dosahující sluchu je, názor Petra Chelčického a jeho stoupenců, zastávajících pacifistický názor o neodporování zlu násilím. Menšinový, protože vychází z poněkud jiných myšlenkových závěrů než ostatní, jak se ukáže na závěr, v řádcích věnovaných tomuto jihočeskému učenci. Diskutoval několikrát s představiteli husitských teologů a se zástupci university. Je znám spor s mistrem Jakoubkem ze Stříbra z roku 1419 právě o oprávněnost boje. Jejich teologické stanovisko bylo odmítnuto a Chelčický Prahu opouští a uchyluje se do jižních Čech, pravděpodobně nejprve do Písku. I když nesouhlasí s vývojem v Čechách, který se pod tíhou situace uchýlil k meči, směřuje do jižních Čech, kde se usídlí pod ochranou táboritů. Jeho výtky a na svou dobu ojediněle zformulované argumenty proti pojetí společnosti trojího lidu – světským pánům, klerikům a rolníkům – společně s odmítnutím války jsou adresovány i táboritům. Vlastně někdy hlavně jim, jak je vidět z textu jeho nejznámějšího traktátu O trojím lidu z roku 1421. Na druhou stranu je nutné zdůraznit paradox, že právě pod ochranou Tábora tento plamenný pacifista žije v poklidu.
Další názor je, že obranu Boží pravdy je možné uskutečnit i skrze meč. Nastává ale celá široká diskuse, v níž se ozývají i názory církevních autorit, ponejvíce například svatého Augustina a Tomáše Akvinského, jakým způsobem válku vést. Jedním z traktátů, dovršujících celou diskusi je De bello mistra Jana z Příbramě. Říká, že je nutná spravedlivá příčina války, prospěch víry, věc práva, zájem pravdy a musí jít i o Boží při. Mezi řádnými důvody pro to, aby byla válka spravedlivá je na posledním místě uveden prospěch vlasti. Výslovně ovšem uvádí pouze obranu vlasti. Příbramův traktát, vznikající v druhé polovině roku 1420, je jedním z děl s patriotistickým nádechem. Konečné stanovisko zformulují universitní mistři Jakoubek ze Stříbra a Křišťan z Prachatic: „Vejíti v boj mocí zbraně jest jenom tehdáž dovoleno, kdyžby nastala nejvyšší potřeba zachování života. Byla by to nekřesťanská věc, kdyby se mělo rozšiřovati slovo Boží mečem v rukou, pravý křesťan má přemáhati protivníka svého trpělivostí a obraceti jej láskou a poučováním, kdyby však nepřítel ukrutný chtěl věrné křesťany hrubým násilím vyhladiti a jiného prostředku by nebylo, jímž by mohli chráněni a zachováni býti, pak bojování mečem pro obranu vyznavačův pravdy nejen dovoleno jest, ale i nařizuje se.“ Názor o podmíněné oprávněnosti použití meče k obraně Boží pravdy zvítězí.
Do čela pomalu formujících se vojsk se postaví dvě významné osobnosti. V počátečním období stojí v popředí Mikuláš z Pístného, purkrabí královského hradu Husi u Winterberka a posléze i Jan Žižka z Trocnova. 25. října se podaří novoměstským ovládnout Vyšehrad a vyhnat z něj královskou posádku. U Radiče nedaleko Knína následuje 4. listopadu 1419 první střet s vojsky strany královy. V listopadu 1419 jsou zaznamenány první šarvátky mezi vojskem Žižkovým a Bohuslavem z Vamberka, významným pánem ze strany pod jednou. V začátku roku 1420 je datováno Hradiště hory Tábor.
Mezi tím se také mezi radikálními husity objevují první zmínky o nastupujícím rozmachu chiliastického hnutí. V roce 1420 se v domě Petra Zmrzlíka, bývalého královského mincmistra, konalo společné sejití radikálních táborských teologů a pražských universitních mistrů. Za tábory se účastnili nebo s nimi sympatizovali Jan Roháč, Chval z Machovic, táborský biskup Mikuláš z Pelhřimova a Markolt ze Zbraslavi. Chiliasty v jejich řadách zastupoval Martin Húska, nazývaný Loquis. Za pražany jednali universitní rektor Prokop z Plzně, Jakoubek ze Stříbra a i Husův kostnický průvodce – mistr Petr z Mladoňovic. Jednalo se o věroučný spor, při němž byly předloženy články víry radikálních táboritů. Zachovaly se v různých podobách a nejdostupnější jsou v Husitské kronice Vavřince z Březové, v Palackého Archivu českém, kde jsou přetištěny z Třeboňského rukopisu a nakonec zaznamenané jedním z jejich oponentů, Janem z Příbramě v Životě kněží táborských. Toto „hádánie“ nedopadlo nejlépe. Věroučný konflikt mezi Prahou a Táborem pokračoval i přes některé další schůzky dále, prakticky ovšem bylo každému jasné, že rozhodovat se bude na bojištích a nikde jinde. Pro nás je ovšem nesmírně cenným materiálem, zaznamenávajícím nauku radikálních táboritů v jejich chiliastickém období, včetně jejich poměru k válce a boji a jejich sebepochopení. Jako základní může být brána jejich víra, že právě v jejich době nastává skonání věků a nastoluje se reálně tisícileté království Kristovo na zemi. Od slova tisíc, v řečtině „chilias“ je jejich víra podobou chiliasmu. Vše probíhá již reálně mezi nimi jako tisíciletí vlády Kristovy na této zemi. Jedná se vlastně o zesoučasňující interpretaci evangelijní víry ve skonání světa a druhý příchod Páně. Znaky tohoto věku jsou v jejich článcích ve svém jádře stejné. Uvádí svou víru v konec smrti již zde na zemi. Dále vymizení hříchů, včetně hříchu prvotního. Čas, již nastávajícího království, vnímají chiliasté tak, že to „nebude čas milosti, nýbrž pomsty a odplaty ohněm a mečem“, jak se praví v Husitské kronice. Postava Krista potom u nich dostává spíše starozákonní rysy spravedlivého vládce, který je mocen spravedlivé odplaty.
Hlásali i zrušení všech lidských norem, které jsou pouhé lidské „nálezky“. Jako svojí hlavní normu brali Písmo. Vykládali, jak poznamenává kronikář Vavřinec z Březové, Starý zákon Novým a obráceně. Citovali hojně z proroků a samozřejmě z Apokalypsy. Mnohé jejich citáty se týkají právě boje. Problém jejich přístupu k Písmu je, že se liší od zbytku husitských Čech. Ten ve svém celku bral Písmo jako zdroj zákona Božího, který má být tou pravou a pravdivou normou nejenom pro církev, ale také pro společnost. Pro husitské radikály prvních let však nikoliv. Písmo pro ně není pouze normou, či zdrojem zákona Božího, ale existující realitou, v níž oni právě žijí takovým způsobem, jak je psáno například u proroků. Hlásali dokonce, že Boží zákon mají vepsán ve svých srdcích. Potom však ona norma zákona Božího, podle níž mají být věci pro všechny lidi posuzovány, ztrácí smysl.
Otázka normy a oprávněnosti války a boje dosud hrála v úvahách husitských teologů důležitou roli. Zda je možné bránit Boží zákon, jímž se mají lidé a církev spravovat, pomocí meče. V myšlení radikálních táboritů, chiliastů svého období, tato otázka mizí. Žádná norma vlastně není potřeba, neboť věří již v existenci Božího království a vlády Kristovy zde na zemi. Boj a válka jsou potom formulovány jako nutná a spravedlivá obrana a odplata, která patří do věku, který má být věkem spravedlnosti. Funkce války zde dostává další rozměr, nikoliv již neutrální, ale v této chvíli již otevřeně „svaté“ války. Dochází potom i k porušení jednoho z pražských artikulů, o světském panování kněží, tedy k rozporu s hlavní snahou husitů. Radikální husité totiž hlásali, že i kněží mohou bojovat a třímat v ruce zbraň, což se v praxi u nich stávalo. Charakter této války je ale také jiný než doposud. Již není možné a přípustné uzavírat mír nebo vyjednávat s nepřítelem. Ten má rysy až ďábelské.
Zajímavou otázkou je potom duchovní obzor táborského hejtmana Jana Žižky, bývalého dveřníka krále. V jeho dochovaných listech nejsou pozitivní zmínky o chiliasmu a jeho nadšení. U universitního mistra Jana z Příbramě je dochována historka o nevraživosti Žižky na radikální kazatele z řad táborských chiliastů. Podle Příbrama se o nich vyjadřoval jako o kacířích a pikartech, což v oné době nebylo vůbec lichotivé přízvisko. Jeho vztahy s Korandou pak byly tak napjaté, že radikální kazatel se mu dva roky musel vyhýbat. V každém případě je možné konstatovat, že chiliasmus a jeho blouznění nebylo motivací Jana Žižky.
Období chiliasmu a opravdové radikality netrvalo ale ani na samotném Táboře dlouho. V husitské revoluci sehrálo svojí roli a počáteční bitvy války z roku 1420 si bez jeho někdy slepého entusiasmu nemůžeme představit. Možná, že by nedopadly ani tak vítězně, jak nás historie učí. Později podobné rysy nauky nacházíme pouze u adamitů. V každém případě se samotní táborité s chiliasmem rozešli a ve svém dalším období vypracovali svoji nauku o církvi, sociální theologii, theorii války. Vlastně to bylo ve své podstatě nutné. Měla-li husitská revoluce zůstat také reformací církve, musel v ní nastat odklon od nadšení prvních let se svým chiliasmem opět nazpátek k normě Božího zákona a Písma, které jsou nad člověkem.
Ve svém dalším období se Tábor rozloučí se svým dědictvím chiliasmu i násilně. Co se týká války a boje je nutné zdůvodnit jejich oprávněnost jiným způsobem, než doposud. Otázku legitimity boje a násilí řeší ve své Kronice obsahující při táborských kněží i přední táborský teolog Mikuláš Biskupec. Říká, že se nemá usilovat o války mezi křesťany, ale je možné je vést, pouze když k nim opravňuje Nový zákon. Zřetelný je zde naprostý odklon od chiliasticky zdůvodněného násilí a války, směrem k otázce, jak založit oprávněnost násilí i ke své vlastní obraně a nevyhnout se přitom vlastnímu hlavnímu zdroji požadované oprávněnosti, totiž Písmu. Stará otázka podmínek a legitimnosti boje se tím opět vynořuje. Příznakem je i opětovné akceptování příměří, smluv a rukojmí s druhou stranou.
18. listopadu 1420 je jako jedna z prvních datována smlouva táborských hejtmanů, uveden je i Jan Žižka z Trocnova, a obce Písecké, kteří uzavřeli příměří s panem Oldřichem II. z Rožmberka. Ten byl jedním z hlavních stoupenců a opor císaře Zikmunda v Čechách. Příměří je vynucené vojensky nevýhodnou situací pána z Rožmberka. Obsahuje ale i podmínku náboženského rázu, kdy na rožmberském panství mají být uplatňovány čtyři pražské artikuly. V další příměří vstoupili táborité s Oldřichem II. z Rožmberka 10. září 1424. V této smlouvě se obě strany usnesly i na finančním odškodnění v případě porušení míru a na společném rukojmí jako záruce. Jde už vlastně o návrat ke středověké etice válečnictví, jenž brala rukojmí v potaz. V roce 1425 je nedatovaně zapsáno příměří mezi stranou krále Zikmunda, stranou podobojí a knížete Zikmunda Korybuta.
Další důležité pole, kde se formoval vztah husitů k válce byly sněmy. Sněm v Čáslavi v roce 1421 je jedním z rozhodujících mezníků v období husitských Čech. Usnáší se na něm, kromě práva pánů na volbu panovníka, i na přiměřených zásadách vedení války. Jako další může být jmenován německobrodský sněm. Východočeské bratrstvo v čele s městy Hradec Králové a Čáslav se kolem 7. dubna roku 1423 usnáší na německobrodském sněmu na tzv. řádu vojenském. Obsahuje ve svých článcích různé zásady vedení války. Roku 1423 se v říjnu v Praze koná svatohavelský sněm, na němž je dvanáct českých pánů z obou znesvářených stran zvoleno za správce země. Celý sněm pokračuje společným ujednáním o získané válečné kořisti.V roce 1426 se v Písku koná sjezd rytířů a měst táborské strany. Táborité zde za legitimní prohlašují pouze boj založený na Písmu. Stále nejdou cestou pouhého zdůvodnění nutných a spravedlivých podmínek.
Na závěr je třeba upozornit i na nikoliv většinový, zato však významný pacifistický názor, zastoupený v české reformaci. Petr Chelický je jedním z nejznámějších teologů české reformace. V mnohém se s jejími teologickými stanovisky rozchází. Nejradikálněji je to v přijatelnosti války a boje a v otázce, zda-li toho, kdo i sám sebe brání pomocí meče je stále ještě možné nazvat věřícím křesťanem. Jeho odmítnutí války a násilí jde ruku v ruce s jeho úvahami o společnosti trojího lidu. Snad nikdo v jeho době nedokázal takovým způsobem popřít společenské uspořádání jako tento originální český myslitel. Pro Chelčického společnost trojího lidu není fungující společností. Lidé sami odmítají možnost Boží vlády nad sebou a tak Bůh dopouští světské panování nad nimi. Pouze díky lidskému odmítnutí Boží vlády je světská moc legitimní. Její podstatou ale vždy stále zůstává násilí a nic jiného než násilí nedokáže vyplodit. Z hlediska evangelia a nároku zákona Božího uvaleného na člověka je však veškeré násilí zakázáno. Příkaz „nezabiješ“ z Desatera je platný vždy a za jakýchkoliv okolností. Pro omluvitelnost války a boje potom neplatí nic. Chelčický nemá pro nikoho z bojujících stran ve svých soudobých Čechách ani slůvko pochopení. Boj, válka a zabíjení souvisí tak jedině se satanem a nikoliv s Božskou pravdou a Božím zákonem. Nutno ale podotknout, že tento bezesporu nejoriginálnější český myslitel žije pod ochranou Tábora a na druhou stranu pražští universitní mistři s ním nikdy nepřeruší kontakt. Po mnoha letech po skončení husitských válek pošle Jan Rokycana, zvolený a nepotvrzený arcibiskup církve pod obojí, počáteční skupinku lidí, z nichž vznikne zárodek Jednoty bratrské právě za Petrem Chelčickým. Chelčický odmítá válku a boje husitů a o spravedlivosti, či nespravedlivosti jejich pře odmítá vůbec uvažovat. Je nutné ale podotknout, že myšlenky obsažené v české reformaci dotáhne k jejich, takřka až logickému vyústění. Ke spáse, polepšení nebo obrácení nemůže žádného člověka přivést světská moc se svým trestáním a donucováním, už z důvodu své vlastní násilné podstaty. Z tohoto důvodu Chelčický odmítá i myšlenku části české reformace, tvrdící v návaznosti na Viklefa, že světská moc se může podílet na nápravě církve.Na druhé straně jakýkoliv násilný střet se světskou mocí, vzpouru a přetvoření společnosti pomocí násilí odmítá. Společnost a člověka je možné napravit, ale pouze pokojnou cestou evangelia, osobní nápravou každého jednotlivce. Boj mu není nikdy ospravedlnitelným prostředkem a zůstává bytostným pacifistou. Jeho pacifismus je ovšem založen na interpretaci Písma podle zákona Božího, kam příkaz „nezabiješ“ neoddiskutovatelně patří. S českou reformací a jejím tvrzením o ospravedlnitelnosti meče k hájení zákona Božího se rozchází radikálně.
Období po husitských válkách je sice v obecném povědomí méně známé, zato však neméně pozoruhodné. Delší čas trvalo, než se po skončení bojů prosadila společná náboženská tolerance a nechuť k násilnému řešení konfliktů. Zprvu snad vynucená a bez potřeby zdůvodnění, je ale jedním z důležitých kořenů dějin evropské tolerance. Týkala se zprvu spíše praktické snášenlivosti, sňatků mezi osobami dvou rozdílných vyznání – pod jednou a pod obojí; přátelství vzdělaných humanistů s těmi, kdo oficiálně jako uznané vyznání neexistovali – s Jednotou bratrskou; lidí, kteří chodili sami od sebe do kostelů obou hlavních vyznání v pohusitských Čechách. Postupně ale přerůstala i ve svoje teoretické zdůvodnění a nakonec i k pobídce k rozšíření novozákonního principu lásky i na pohany a židy. Mnohé výzvy odsuzující boj a válčení a nabádající k pokojnému řešení všech konfliktů pocházejí z pera humanistů, z nichž nejznámější je spisek Řehoře Hrubého z Jelení.
Nakonec je náboženská tolerance uzákoněna v roce 1484 v Kutné hoře. Každý z členů stavovské obce, má mít svobodu své víry ať pod jednou nebo pod obojí podle „duověření svého a svědomí“. Dohody z Kutné hory potom vyvrcholily v článku, kdy je tato svoboda v rámci kališnické a katolické církve poskytována i poddaným. Ve skrytu a za souhlasu vrchnosti se předtím i potom pod pláštěm tolerance přikryla i Jednota bratrská. A tak zatímco v Tyrolích je v letech 1526 – 1532 upáleno a mečem zabito přinejmenším 600 příznivců novokřtěnců, v Čechách je za období 1471 – 1526 doloženo šest členů Jednoty bratrské, kteří položí svůj život. Je to samozřejmě temná stránka našich dějin, ale v porovnání s okolním světem má svou již trochu lidštější tvář.
Vztah k válce v husitských Čechách byl různorodý a také různě zdůvodněný. Od chiliastického nadšení, přes patriotisticky zaměřené manifesty, až k úvahám universitních učenců, zda-li je možné Boží pravdu hájit mečem. Do tohoto období ale neoddělitelně patří i originální, pacifistické myšlenky Petra Chelčického. Náboženský smír v období jagellonců a Jiřího z Poděbrad jako v období završujícím dobu husitskou, pak byl sice tolerancí vynucenou a týkal se pouze dvou vyznání, nikoliv Jednoty bratrské, je ale důležitým krokem v dějinách evropské tolerance a ukázkou snahy řešit konflikty bez bojů a válek.